警视正九山泷在兜风的路上捡到一个身中数枪的外国女人。 没想到外国女人是一起绑架案的嫌犯，被绑架的小男孩名叫江户川柯南。 望着那份江户川柯南与工藤新一重合度高达99.9%的DNA对比，九山泷不禁陷入了深深的自我怀疑。 仿佛系统赋予他的柯学的名推理规则、柯学的主角光环规则、柯学的不科学规则在能让人返老还童的能力面前都成了笑话。 好在他跟那个外国女人很来电，很快便洞悉了整件事的来龙去脉。 外国女人是名叫“酒厂”的组织的一员，代号贝尔摩德。 第二天，FBI与公安纷纷上门要人，变小的名侦探也请求他帮忙调查那个将他变小的组织。 新的风暴已经出现，九山泷发现他已然成为红黑双方力争的重要人物。 不过比起勾心斗角，他更想用直球打败直球。 奈何那个外国女人不讲武德，不仅凭借高超的易容技术潜入警视厅成为了他的部下。 还厚着脸皮住进了他家！
